დაიბადა 1960 წლის 11 ივნისს. აფხაზეთის სახელმწიფო უნივერსიტეტში მუშაობა დაიწყო 1983 წელს. ისტორიის მეცნიერებათა კანდიდატია 1989 წლიდან, დოცენტი - 1993, დოქტორი - 2002, პროფესორი 2004, ხოლო სრული პროფესორი - 2006 წლიდან .
      იყო გერმანიის სასწავლო - აკადემიური გაცვლების სამსახურის სტიპენდიატი (1993), გერმანიის არქეოლოგიის ინსტიტუტის სტიპენდიატი (1996), გერმანიის ალექსანდრე ფონ ჰუმბოლდტის ფონდის სამგზის სტიპენდიატი (1998-1999, 2003, 2006). სამეცნიერო - პედაგოგიურ და კვლევით სამუშაოებს აწარმოებდა ბერლინის თავისუფალ და ტიუბინგენის უნივესიტეტებში , ასევე გერმანიის არქეოლოგიის ინსტიტუტში . ოთხი წლის მანძილზე მონაწილეობდა ტროას საერთაშორისო არქეოლოგიურ გათხრებში . არის საქართველოს ჰუმბოლდტის კლუბის გენერალური მდივანი , გერმანიის არქეოლოგიის ინსტიტუტის წევრ - კორესპონდენტი , ევროპის არქეოლოგთა ასოციაციის წევრი . 2005 წელს თბილისში თორმეტი ქვეყნის ჰუმბოლდტელთა მონაწილეობით ჩაატარა სიმპოუზიუმი თემაზე : „ სამხრეთ კავკასია ევროპული ინტეგრაციის გზაზე “, ხოლო 2007 წელს - შავი ზღვის აუზის ქვეყნებისა და გერმანიის ჰუმბოლდტელ - არქეოლოგებთან ერთად სიმპოზიუმი თემაზე : „ შავი ზღვის აუზი ძვ . წ . 5000-500 წწ . კომუნიკაცია კავკასიასა და კარპატებს შორის “.
      კვლევის ძირითადი მიმართულებებია : 1) კავკასიის ბრინჯაოსა და ადრერკინის ხანის კულტურები , 2) ქრონოლოგია არქეოლოგიაში, 3) კოლხეთის არქეოლოგია, 4) ტროას არქეოლოგია, ისტორია და კულტურა. 2007 წლის სექტემბრიდან 2009 წლის მაისამდე ჯონი აფაქიძე სოხუმის უნივერსიტეტის რექტორის მოვალეობის შემსრულებელია, 2009 წლის მაისიდან კი იგი არჩეულია სოხუმის სახელმწიფო უნივერსიტეტის რექტორად.

გამოქვეყნებული აქვს 62 ნაშრომი, მათ შორის დიდი ნაწილი დაბეჭდილია საყოველთაოდ აღიარებულ მაღალრეიტინგულ საერთაშორისო გამოცემებში .

ზოგიერთი ლინკი ჯონი აფაქიძის შესახებ:

http://opranda.blogspot.com/           -      გერმანული ვერსია         ქართული ვერსია

ახალი არქეოლოგიური გათხრები ტროაში

საქართველოს ჰუმბოლტისკლუბის გენერალური მდივნის მოხსენება (სტამბოლი 2006 წლის აპრილი)

საერთაშორისო კოოპერაციული პროექტები საქართველოში არქეოლოგიის დარგში