სოხუმის სახელმწიფო უნივერსიტეტის ისტორია სათავეს იღებს 1932 წლის 7 თებერვალს, როდესაც საქართველოს მთავრობის გადაწყვეტილებით ქ. სოხუმში პედაგოგიური ინსტიტუტი დაარსდა. თავდაპირველად, სოხუმის პედაგოგიურ ინსტიტუტში ორი კათედრა არსებობდა, რომლებიც ძირითადად პედაგოგიურ კადრებს ამზადებდა. შემდგომ წლებში ინსტიტუტს სხვა სპეციალობებიც დაემატა და 1960-იანი წლების დასაწყისისთვის პედაგოგიური ინსტიტუტი იქცა წამყვან საგანმანათლებლო და სამეცნიერო ცენტრად, სადაც სასწავლო პროცესი ქართულ, აფხაზურ და რუსულ ენებზე წარმოებდა. 1979 წელს სოხუმის პედაგოგიური ინსტიტუტი ჩამოყალიბდა როგორც აფხაზეთის (სოხუმის) უნივერსიტეტი.
1989 წლის ცნობილი პოლიტიკური მოვლენების შემდეგ, აფხაზეთის (სოხუმის) უნივერსიტეტს გამოეყო ქართული ნაწილი, რომელიც აფხაზეთის უნივერსიტეტის პროფესორ-მასწავლებელთა და სტუდენტთა უმრავლესობას აერთიანებდა. 1989 წლის 14 მაისს უნივერსიტეტის ქართული ნაწილის ბაზაზე ჩამოყალიბდა ივ. ჯავახიშვილის სახელობის თბილისის სახელმწიფო უნივერსიტეტის სოხუმის ფილიალი, რომელმაც 1993 წლიდან ქ. თბილისში გააგრძელა ფუნქციონირება.
2007 წლის 31 ივლისს საქართველოს მთავრობის დადგენილებით თსუ სოხუმის ფილიალის ბაზაზე დაფუძნდა საჯარო სამართლის იურიდიული პირი - სოხუმის უნივერსიტეტი. 2008 წლის 4 იანვარს უნივერსიტეტმა მიიღო საგანმანათლებლო საქმიანობის წარმოების სახელმწიფო ლიცენზია, ხოლო 2008 წლის 8 იანვარს - სახელმწიფო აკრედიტაცია (5 წლის ვადით).
საქართველოს მთავრობამ 2008 წლის 10 დეკემბერს №239 დადგენილებით ცვლილება შეიტანა მთავრობის 2007 წლის №160 დადგენილებაში. დადგენილების თანხმად, საჯარო სამართლის იურიდიულ პირს, სოხუმის უნივერსიტეტს ეწოდა "საჯარო სამართლის იურიდიული პირი - სოხუმის სახელმწიფო უნივერსიტეტი."